公司李向涛教授指导的2019级硕士研究生王亚威同学的论文EDCNN: Identification of Genome-Wide RNA-binding Proteins Using Evolutionary Deep Convolutional Neural Network近日被 Bioinformatics杂志接收。Bioinformatics是Oxford Academic出版社旗下数学与计算生物学的中科院一区期刊，也是生物信息学的顶级杂志，SCI IF（2020）=6.937。
本文提出了进化深度卷积神经网络（EDCNN），通过协同进化优化与梯度下降来增强传统深度卷积神经网络性能，以识别蛋白质-线性RNA的结合位点。EDCNN是以互补的方式结合了进化算法和不同的梯度下降模型，其中梯度下降和进化优化可以交替优化RNA结合事件搜索。为了验证EDCNN的性能，在174个CLIP-seq数据集中进行分析，结果显示EDCNN的性能要优于其他方法。此外，时间复杂性分析、参数分析和Motif分析，也从多个角度证明了我们提出算法的有效性。本工作是结合进化计算和生物信息学等多学科交叉的优势共同完成，主要合作者为香港城市大学的Ka-chun Wong教授。
